www.dystrofia.fora.pl :: Przegląd tematu - Rodzaje błędów genetycznych wywołujących DMD

cat · Wysłany: Czw 0:35, 06 Mar 2008 Temat postu:

Ramka odczytu - faza, w której jest czytany układ kodonów w mRNA w czasie translacji. Spośród trzech możliwości rybosom wybiera jedną, właściwą, zaczynającą się od określonego kodonu AUG. Jeżeli jednak zdarzy się insercja lub delecja niepodzielnej przez trzy liczby nukleotydów ramka odczytu może zostać przesunięta.

Otwarta ramka odczytu (ORF od ang. open reading frame) to ramka odczytu zawierająca kodon start i kodon stop.

Delecja - to jeden z typów (najczęściej spontanicznej) mutacji genowej dotyczącej zmiany składu nukleotydowego DNA.
Polega na utracie jednej lub kilku par nukleotydów z DNA genowego. Delecja trójki nukleotydów powoduje brak jednego aminokwasu w łańcuchu (delecja kodonu kodującego dany aminokwas, lub połączenie dwóch uszkodzonych kodonów w nowy). Delecja liczby nukleotydów nie będącej wielokrotnością liczby 3 prowadzi do przesunięcia ramki odczytu i zmiany wszystkich kodonów od miejsca delecji począwszy. Delecja kilkuset nukleotydów oznacza zmianę prowadzącą nawet do usunięcia całego genu.

Insercja - najczęściej spontaniczna mutacja genu polegająca na wstawieniu krótkiej sekwencji DNA w obrębie pojedynczego genu albo wstawieniu dłuższego fragmentu chromosomu. Wstawienie jednego nukleotydu lub kilku. Insercja trójki nukleotydów powoduje powstanie dodatkowego aminokwasu w łańcuchu (insercja kodonu kodującego dany aminokwas pomiędzy dwa kodony, lub insercja jednego kodonu w drugi z wytworzeniem dwóch nowych, np. ATT dodane pomiędzy C i T kodonu CTG daje CATTTG, czyli CAT TTG). Insercja liczby nukleotydów nie będącej wielokrotnością liczby 3 prowadzi do przesunięcia ramki odczytu i zmiany wszystkich kodonów od miejsca insercji począwszy.

Duplikacja - podwojenie fragmentu chromosomu na skutek niesymetrycznej wymiany odcinków chromatyd i czasem błędnego crossing-over. Może to powodować choroby genetyczne.
Duplikacja genu może być spowodowana powieleniem fragmentu chromosomu albo retrotranspozycją. W wyniku tego procesu jedna z kopii genu uwalnia się od presji selekcyjnej środowiska, dzięki czemu może swobodnie mutować, ponieważ mutacje w dodatkowej kopii zazwyczaj nie zaburzają funkcjonowania organizmu. Nagromadzenie mutacji może spowodować, że zduplikowany gen uzyska nową funkcję, albo stanie się pseudogenem. Powstałe na skutek duplikacji geny pochodzące od wspólnego przodka nazywa się paralogami.

Mutacja punktowa – zmiana pojedynczego nukleotydu w DNA lub RNA.

Może być to:

-tranzycja (zmiana prawidłowych nukleotydów w DNA na inne w ramach jednej grupy zasad azotowych (puryn lub pirymidyn) - adeniny na guaninę, a cytozyny na tyminę (i na odwrót). Jeden z rodzajów mutacji genowych. Zarówno tranzycja jak i transwersja należą do typu mutacji jakim są substytucje)
-transwersja ( mutacja genowa, punktowa zmiana chemiczna w obrębie nici DNA, w której zasada purynowa ulega zamianie na pirymidynową lub odwrotnie. Mutacja taka może nie spowodować żadnej zmiany lub zmianę kodu genetyczego (UUU -> UUA) albo też skróconą syntezę białka (UCG -> UCA).
-delecja lub insercja (addycja) pojedynczego nukleotydu.

Efekty mutacji punktowych w sekwencji kodującej można podzielić w następujący sposób:

-przesunięcie otwartej ramki odczytu - poprzez insercję lub delecję pojedynczego nukleotydu. Wiąże się to ze zmianą całej sekwencji białka poniżej mutacji, zatem może znacząco wpływać na fenotyp.
-mutacja missens - zmiana pojedynczego nukleotydu w kodonie powoduje zmianę aminokwasu w kodowanym białku. W zależności od położenia aminokwasu mutacja taka może, ale nie musi wpływać na fenotyp.
-mutacja nonsens - zmiana pojedynczego nukleotydu w kodonie powoduje, ze trojka kodująca aminokwas zmienia się w jeden z trzech kodonów stop, zatem produkowane białko będzie krótsze, co zwykle wiąże się z jego niefunkcjonalnością.
-mutacja cicha - zmiana pojedynczego nukleotydu nie powoduje zmiany aminokwasu w kodowanym białku ze względu na to, że kod genetyczny jest zdegenerowany, czyli jeden aminokwas może być kodowany przez kilka kodonów (np. zmiana CCC na CCU nie powoduje zmiany aminokwasu, gdyż obie trójki kodują prolinę). Wydaje się, że w niektórych przypadkach, jeśli zmiana następuje z kodonu preferowanego na rzadki, może to wpłynąć na szybkość syntezy białka, a to z kolei na szybkość jego zwijania, a zatem na jego strukturę przestrzenną, co może mieć wpływ na fenotyp.

źródło: http://pl.wikipedia.org/

cat

Jednym z pierwszych wielkich odkryć dotyczących genów było wskazanie, że mogą one ulegać zmianom. Zmiany te nazwano mutacjami. Dzisiaj wiemy, że mutacje powodowane są przez zmiany w sekwencji nukleotydowej DNA. Z chwilą gdy sekwencja DNA ulegnie zmianie, zmiana ta zostaje wprowadzona na stałe do materiału genetycznego wszystkich następnych pokoleń, ponieważ w procesie replikacji zmieniona sekwencja będzie kopiowana tak samo, jak kopiowana byłaby sekwencja normalna. W większości przypadków zmutowany gen nie wykazuje większej tendencji do dalszego mutowania niż gen pierwotny. Mutacje powodują zmiany w normalnym funkcjonowaniu materiału genetycznego, umożliwiając uczonym badanie mechanizmów dziedziczenia i molekularnych podstaw funkcjonowania genów. Mutacje są także źródłem zmienności niezbędnej dla przebiegu ewolucji w obrębie gatunków.

Geny mogą ulegać zmianom mutacyjnym różnych rodzajów. Najprostszy rodzaj mutacji, zwany mutacją punktową lub mutacją typu „substytucja zasady”, polega na zmianie w obrębie pojedynczej pary nukleotydów. Dzięki metodom inżynierii genetycznej umożliwiającym izolację genów i określanie w nich sekwencji zasad możliwe jest dziś ustalenie, w którym miejscu genu nastąpiła mutacja punktowa. Mutacje takie są często wynikiem zachodzących w trakcie procesu replikacji błędów w parowaniu zasad, np. wymiana pary AT na parę GC, CG lub TA. Taka zmiana w DNA prowadzić może do powstania zmienionego mRNA, którego translacja da łańcuch peptydowy różniący się od łańcucha normalnego tylko w jednej pozycji sekwencji aminokwasowej.

Mutacje, w wyniku których następuje zmiana jednego aminokwasu na inny, nazywane są niekiedy mutacjami „zmiany sensu”. Zamiany jednych aminokwasów na inne w cząsteczce białka mogą pociągnąć za sobą różnorodne konsekwencje. Jeśli zamiana aminokwasu następuje w miejscu znajdującym się w centrum aktywnym enzymu lub w pobliżu centrum aktywnego, aktywność enzymatyczna białka może się zmniejszyć, a nawet zupełnie zaniknąć. Mutacja „zmiany sensu” dotycząca aminokwasu leżącego z dala od miejsca aktywnego lub polegająca na zmianie na aminokwas o bardzo zbliżonym charakterze chemicznym może z kolei okazać się mutacją neutralną (niewykrywalną), przynajmniej jeśli idzie o efekt wywierany na cały organizm. Ponieważ mutacje neutralne zdarzają się stosunkowo często, prawdziwa liczba zmian mutacyjnych w DNA organizmu lub w puli genowej całego gatunku jest znacznie większa od tej, która wynika z obserwowalnych efektów mutacji.

Mutacje nonsensowne są mutacjami punktowymi, w wyniku których kodon determinujący aminokwas zostaje zmieniony w kodon terminacyjny. Mutacja nonsensowna w genie powoduje zwykle zanik funkcji produktu tego genu. W przypadku genu kodującego białko, w produkcie końcowym brakuje fragmentu łańcucha polipeptydowego odpowiadającego odcinkowi genu leżącemu za kodonem terminacyjnym.

Mutacje zmiany ramki odczytu (lub: zmiany fazy odczytu) polegają na delecji (wypadnięciu) lub insercji (wstawieniu) pary nukleotydów w obrębie cząsteczki DNA. Insercja lub delecja zasady w sekwencji DNA powoduje zmianę ramki (fazy) odczytu.
W wyniku tego przesunięcia kodony znajdujące się poniżej miejsca insercji (tj. w kierunku zgodnym z przebiegiem transkrypcji) determinują całkowicie nową sekwencję aminokwasów.
Mutacje zmiany ramki odczytu mogą powodować różnorodne efekty w zależności od miejsca insercji lub delecji w genie.
Oprócz zmiany polegającej na pojawieniu się matrycy kodującej, mutacje zmiany ramki odczytu powodują zwykle w niewielkiej odległości od miejsca mutacji pojawienie się kodonu terminacyjnego zatrzymującego syntezę i tak już zmienionego łańcucha polipeptydowego. Przesunięcie ramki odczytu w genie kodującym enzym powoduje na ogół utratę aktywności enzymatycznej białka. Jeśli enzym taki pełni ważną rolę w komórce, efekt mutacji dla organizmu może być tragiczny.

Innego rodzaju mutacje powodowane są przez zmiany w strukturze chromosomów. Zmiany tego typu wywołują zwykle liczne różnorodne efekty, dotyczą bowiem wielkiej liczby genów.

Mutacja pewnego typu, której mechanizm powstawania poznano dopiero niedawno, wywoływana jest przez sekwencje DNA zdolne do „wskakiwania” w środek genu. Te ruchome sekwencje DNA, zwane transpozonami, nie tylko zakłócają funkcje niektórych genów, ale w pewnych okolicznościach mogą także aktywować geny normalnie nieaktywne.

Wszystkie w/w mutacje występują stosunkowo rzadko i są spontaniczne: pojawiają się jako wynik błędów w replikacji DNA lub zakłóceń w przebiegu mitotycznej bądź mejotycznej segregacji chromosomów. Niektóre rejony DNA ulegają mutacjom znacznie częściej niż inne. Takie gorące miejsca mutacji, to często pojedyncze nukleotydy lub krótkie fragmenty złożone z powtarzających się nukleotydów. Mogą one zawierać nietypowe zasady, które spontanicznie zmieniają swoją strukturę. Krótkie odcinki zawierające powtarzający się mukleotyd mogą powodować „ześlizgiwanie się” polimerazy DNA. Mutacje w pewnych genach mogą się przyczyniać do wzrostu częstości mutacji w całym DNA. Powodem jest przypuszczalnie zmniejszenie przez tę mutacje precyzyjności procesu replikacji DNA.

Nie wszystkie mutacje powstają spontanicznie: liczne spośród omówionych wyżej mogą być wywołane przez czynniki znane jako mutageny. Należą do nich różne typy promieniowania jonizującego, jak promienie X, promienie gamma, promieniowanie kosmiczne, promienie ultrafioletowe. Niektóre mutageny chemiczne reagują z DNA powodując specyficzne modyfikacje zasad w nukleotydach. Prowadzi to do błędnego łączenia się zasad w komplementarne pary w trakcje replikacji DNA. Do mutagenów należą także: analogi zasad azotowych- związki chemiczne o budowie podobnej do cząsteczki zasad azotowych wchodzących w skład nukleotydów; kwas azotawy, reagujący z dezoksyrybonukleotydami, barwniki akrydynowe, niszczące strukturę podwójnego heliksu oraz benzopiren, obecny w dymie papierosowym. Cząsteczki innych mutagenów włączone są w cząsteczkę DNA, powodując po replikacji zmianę pierwotnej ramki odczytu. Obserwowana ogólna częstość mutacji jest znacznie niższa niż częstość uszkodzeń materiału genetycznego, wszystkie bowiem organizmy mają specjalne systemy enzymów, które mogą naprawiać uszkodzenia niektórych rodzajów powstające w DNA. Pomimo istnienia tych systemów, pewne nowe mutacje zostają utrwalone. W istocie każdy z nas ma prawdopodobnie jakiś zmutowany gen, który nie występował z tą właśnie mutacją u żadnego z naszych rodziców. Wprawdzie niektóre z tych mutacji mogą powodować zmiany fenotypowe, większość jest jednak niezauważalna, ponieważ są to mutacje recesywne.
Mutacje występujące w komórkach ciała (komórkach somatycznych) nie są przekazywane potomstwu. Nie oznacza to że są one bez znaczenia. Istnieje ścisły związek między mutacjami somatycznymi a rakiem. Wiele mutagenów jest również karcynogenami, tj. czynnikami wywołującymi nowotwory w organizmach wyższych.

Źródło:
http://www.sciaga.pl/tekst/20629-21-przyczyny_i_rodzaje_mutacji

Bibliografia:
1. Solomon, Berg, Martin, Villee „Biologia”
2. w. Czechowski, w. Gajewski, G. Garbaczewska, E. Nowakowski, Z. Starcik, K. Skwarło-Sońta, P. Trojan „Biologia”
3. Paweł Borodin „Kręte drogi mutacji”